НИЯУ МИФИ вошёл в Премьер-лигу «Рейтинга мониторинга эффективности вузов» за 2021 год, набрав максимальное количество баллов — 30. Кроме «ядерного» университета, в Премьер-лигу с таким же баллом вошли МФТИ, Университет Иннополис, ТПУ, ТГУ и РУДН.
«Рейтинг мониторинга эффективности вузов» готовится Национальным фондом поддержки инноваций в сфере образования (НФПИ, г. Йошкар-Ола) на основе данных системы оценивания «№1-Мониторинг». Всего в рейтинге за 2021 г. участвовало 1205 образовательных организаций высшего образования. В рейтинге вузы проранжированы по пяти лигам: Премьер-лига, Лига 1, Лига 2, Лига 3, Лига 4.